세금계산서와 신용카드 전표를 중복 발행하면 어떻게 해야 할까?
사업자들 간의 거래는 원칙적으로 세금계산서 발행을 해서 주고받아야 하는 것이다.
다들 알고 있듯이 적격증빙(세금계산서, 계산서, 신용카드, 현금영수증)을 수취하여 부가세 신고를 하는 것은 기본이다.
그런데 같은 적격증빙이 1건의 거래에 대해 2번 발행되면 안 된다고 알고 있을 것이다.
하지만, 실제 거래를 하다 보면 실수든 혹은 어쩔 수 없이 발행하는 경우가 자주 발생하고 있다.
예를 들어 세금계산서를 발행 하였고 이후 대금 결제를 신용카드로 받는 경우는 적격증빙이 2건이 발행된 것이다.
결재는 받아야 하는데, 세금계산서는 발행했고 이를 취소해야 하나 고민을 하시는 분들이 있다.
이런 경우 수정세금계산서(취소분)를 발행하지 말고 다음과 같이 처리하면 된다.

1. 세금계산서 발행 후 결제를 신용카드로 받은 경우
공급시기에 세금계산서를 발행하였다. 이후 대금결제를 신용카드로 받은 것은 국세청에서는 정상적인 거래로 간주한다.
따라서 부가세 신고시
- 공급자 : 부가세 신고기간에 매출세금계산서를 기준으로 부가세 신고하면 되고 신용카드 발행분은 신용카드매출전표발행집계표에서 세금계산서 발급금액으로 중복을 입력하면 된다.

- 공급받는 자 : 매입세금계산서를 기준으로 부가세 신고. 신용카드 매입분에 대해서는 중복으로 공제를 받지 않도록 공제내용에서 제외하면 된다.
2. 신용카드 결제 후 세금계산서를 발행하는 경우
신용카드로 결제한 경우 이후 세금계산서를 발급해서는 안된다. 국세청에서는 이를 정상적인 거래로 간주하지 않는다.
만약, 신용카드로 결제한 부분에 대해 세금계산서를 발행했다면, 수정세금계산서 발행 사유에 해당한다.
피치 못할 상황으로 수정세금계산서를 발행하지 못하였다면, 위의 경우처럼 세금계산서를 기준으로 처리하면 된다.
이때, 공급받는 자는 신용카드 매입분과 세금계산서 매입분에 대하여 중복 공제를 받지 않도록 각별한 주의가 요구된다.
만약 2가지 모두 매입세액 공제를 받았다면, 신고불성실 가산세 및 납부불성실 가산세를 부담하게 된다.

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